Η έξοδος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στο Αιγαίο και η συνέχιση της επεκτατικής πολιτικής της προς τα δυτικά ήδη απο τις αρχές του 15ου αιώνα, προκάλεσε μια σειρά πολέμων με τους Βενετούς, που ονομάστηκαν Βενετοτουρκικοί Πολέμοι και διήρκεσαν απο το 1422 (πολιορκία της Θεσσαλονίκης) μέχρι το 1718 και την κατάληψη και των τελευταίων οχυρών της Βενετικής Δημοκρατίας στο Αιγαίο.
Εξέχουσα θέση ανάμεσα στους πολέμους αυτούς, κατέχει ο 5ος Βενετοτουρκικός πόλεμος ή Κρητικός Πόλεμος, που ξεκίνησε το 1645 με την απόβαση 45000 Οθωμανών στρατιωτών στον κόλπο των Χανίων και ολοκληρώθηκε το 1669 με την κατάκτηση του Χάνδακα.
Απο τον τρίτο Βενετοττουρκικό πόλεμο (1537-1540) και την κατάκτηση των Κυκλάδων και της Πελοπονήσσου, οι Τούρκοι είχαν δείξει τις προθέσεις τους για την μετατροπή του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου σε Οθωμανική θάλασσα. Με το τέλος του τέταρτου Βενετοτουρκικού πολέμου και την κατάκτηση της Κύπρου το 1570 ήταν πλέον ξεκάθαρο οτι επόμενος στόχος των Οθωμανών θα ήταν η Κρήτη, τελευταίο στρατηγικό και χριστιανικό οχυρό στην ανατολική Μεσόγειο.
Ωστόσο η ''Ιερή Συμμαχία'' που δημιουργήθηκε απο δυνάμεις της δύσης αμέσως μετά την κατάκτηση της Κύπρου και η ολοκληρωτική καταστροφή του Τουρκικού στόλου στη Ναύπακτο το 1571, αποδιοργάνωσε την Οθωμανική Αυτοκρατορία, που ανέκοψε τις επεκτατικές της επιχειρήσεις στο Αιγαίο μέχρι τα μέσα του 17ου αιώνα.
Γκραβούρα με την παράταξη του Τουρκικού και του Συμμαχικού
στόλου κατα τη Ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571.
Η συντριβή του Τουρκικού στόλου και η ολκληρωτική
καταστροφή του ανάγκασαν την Οθωμανική Αυτοκρατορία
να αναστείλει τις επεκτατικές της επιχειρήσεις της για
πολλές δεκαετίες.
Κατα το διάστημα αυτό, οι Βενετοί κατάφεραν μέσω της διπλωματίας και μιας πολιτικής αποφυγής προκλήσεων να διατηρήσουν την ειρήνη με τους Τούρκους, δεν κατάφεραν όμως λόγω και της συρίκνωσης της οικονομίας τους να οργανώσουν αποτελεσματικά την άμυνα της Κρήτης.
Ωστόσο η μακροχρόνια περίοδος ειρήνης είχε για την Κρήτη ευεργετικές συνέπειες τόσο στη σταθεροποίηση ή και αύξηση του πληθυσμού οσο και στην οικονομική και πολιτιστική ανάπτυξη του νησιού, στα πρότυπα της Ευρωπαϊκής Ανναγέννησης.
Το τέλος των Τουρκοπερσικών πολέμων (1603-1638), η πτώση απο τον Αυτοκρατορικό θρόνο του Μουράτ Δ' το 1640 και η άνοδος του αδελφού του Ιμπραήμ Α' συνοδεύτηκαν απο την αναζοπύρωση του φιλοπολεμικού ρεύματος με τους Ενετούς που τελικό στόχο είχε την κατάκτηση της Κρήτης.
Επικεφαλής του φιλοπολεμικού αυτού ρεύματος, ήταν κατα την παραπάνω περίοδο ο θρησκευτικός ηγέτης Τσιντσή Χουσεΐν Χοτζα, που διατέλεσε και προσωπικός σύμβουλος του Ιμπραήμ Α' επηρεάζοντας σε μεγάλο βαθμό τις αποφάσεις του.
Ιμπραήμ Α'
Παρά τις προσπάθειες των Ενετών για διατήρηση της ειρήνης οι Τούρκοι ποτέ δεν έπαψαν να βλέπουν την Κρήτη ως το τελευταίο προπύργιο της χριστιανικής Ευρώπης στην ανατολική Μεσόγειο. Σε πολιτικό επίπεδο διατήρησαν όλο αυτό το διάστημα τεταμένες τις σχέσεις τους με τους Βενετούς, ενώ δεν έπαψαν να τους κατηγορούν για ναυτικά επεισόδια ή ακόμα και πειρατικές επιδρομές.
Την αφορμή πάντως που έψαχναν οι Τούρκοι δεν την έδωσαν οι Ενετοί αλλα το Τάγμα των Ιωαννίτων Ιπποτών που με έδρα τη Μάλτα και παλαιότερα τη Ρόδο, ασκούσαν πειρατικές επιδρομές εναντίον ισλαμικών στόχων και αποτελούσαν μόνιμο κίνδυνο για τα πλοία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, γεγονός που είχε οδηγήσει τις σχέσεις καί της Βενετίας με το Τάγμα σε ρήξη.
Άλλωστε ήδη απο το 1639, ο Ενετός Γενικός Προβλεπτής Isepo Cirvan είχε εκφράσει τις ανησυχίες του για τις Μαλτέζικες επιθέσεις εναντίον Οθωμανικών πλοίων, σημειώνοντας οτι θα μπορούσαν να αποτελέσουν αφορμή πολεμικής σύραξης ανάμεσα στη Γαληνοτάτη και την Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Ιωαννίτες Ιππότες: Το Τάγμα εμφανίστηκε τον 11ο αιώνα
στους Άγιους τόπους, εγκαταστάθηκε τον 14ο αιώνα στη
Ρόδο, ενώ μετά την κατάληψη του νησιού απο τους
Τούρκους το 1523 μετοίκησαν στη Μάλτα.
Το 1644, μοίρα αποτελούμενη πο 6 πλοία των Ιωαννίτων Ιπποτών που περιπολούσε ανοικτά της Ρόδου, συνέλαβε Τούρκικο γαλιόνι που μετέφερε διακεκριμένους πολίτες της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας για προσκύνημα στη Μέκκα. Το γεγονός πήρε διαστάσεις θρύλου, που ήθελε μέσα στο Τουρκικό πλοίο να ταξιδεύει η Βαλιδέ Σουλτάνα, δηλαδή η Βασιλομήτωρ του Τουρκικού θρόνου, ομως ο θρύλος αυτός δημιουργήθηκε μάλλον απο το όνομα του πλοίου που λεγόταν ''Σουλτάνα,'' ή ήταν ίσως μια Τουρκική προπαγάνδα που προκάλεσε το μίσος του λαού και ενίσχυσε το φιλοπολεμικό ρεύμα.
Άλλη λαϊκή παράδοση, αναφέρει οτι στο πλοίο επέβαινε η βασιλωμήτωρ και ο γιός της. Η Σουλτάνα απεβίωσε απο θλίψη, ενώ ο γιός της έγινε μοναχός.
Οι Ιωαννίτες Ιππότες οδήγησαν το πλοίο στη νότια Κρήτη και αγκυροβόλησαν στους Καλούς Λιμένες, αρχίζοντας να διαπραγματεύονται τη λεία τους, μόλις όμως έγινε γνωστή η ταυτότητα των προσκυνητών, οι Ενετοί αρνήθηκαν κάθε ανάμειξη και διέταξαν την απομάκρυνση του πλοίου απο το νησί.
Χάρτης των Καλών Λιμένων του 1630.
Αν και οι Τούρκοι θεωρούν οτι οι Ιωαννίτες Ιππότες αποκόμισαν οφέλη στο λιμάνι των Χανίων, οι Ενετοί αρνούνται κάθε ανάμειξη και ισχυρίζονται οτι το πλοίο εκδιώχθηκε απο όλα τα λιμάνια της Κρήτης και τελικά οι Ιωαννίτες το εγκατέλειψαν στην τύχη του. Το γεγονός αυτό πάντως, σε συνδυασμό με νέα ναυτικά επεισόδια και πειρατικές ενέργειες απο Κερκυραίους και Ζακυνθινούς εναντίον πλοίων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας εξόργισε τους Τούρκους που θεωρούσαν πάντα υπεύθυνους τους Ενετούς.
Σύντομα έγινε φανερό οτι οι Τούρκοι ετοίμαζαν μεγάλη ναυτική δύναμη.
Ωστόσο η Τουρκική διπλωματία διέρευσε ελεγχόμενα πληροφορίες για επικείμενη επίθεση κατά της Μάλτας, σε μια προσπάθεια της να καθησυχάσει και να αιφνιδιάσει τους Ενετούς. Απο την πλευρά τους οι Ενετοί προσπάθησαν να ρίξουν την ένταση ανάμεσα στα δύο στρατόπεδα προφέροντας κάθε είδους υπηρεσία. Χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα της προσάραξης Τούρκικου πλοίου ιδιοκτησίας του Σαντζάκ Μπέη της Μήλου στα παράλια της Ιεράπετρας τον Δεκέμβριο του 1644, το φορτίο του οποίου οι Ενετοί προσφέρθηκαν να μεταφέρουν αφιλοκερδώς μεχρι τη Μήλο.
Στις 30 Απριλίου 1645, ο Τουρκικός στόλος, διοικούμενος απο τον Γιουσούφ Πασά και αποτελούμενος απο 100 πολεμικά πλοία, 350 μεταγωγικά και 45.000 στρατιώτες με διοικητές τους Μουσά Πασά και Μουράτ Αγά, απέπλευσε απο την Κωνσταντινούπολη και με κατεύθυνση νότια βγήκε στο Αιγαιο.
Επαληθεύοντας τις πληροφορίες που οι ίδιοι είχαν αφήσει να διαρεύσουν, οι Τούρκοι πέρασαν την Κρήτη και προσορμίστηκαν στον ευρυχωρο και ασφαλή όρμο του Ναυαρίνου στη νοτιοδυτική Πελοπόνησσο, ανεφοδιάζοντας το στόλο τους.
Στις 21 Ιουνίου 1645 ο στόλος απέπλευσε απο το Ναυαρίνο και με κατεύθυνση νότια-νοτιοανατολική κατευθύνθηκε προς τις ακτές της δυτικής Κρήτης. Στις 23 ή κατα άλλους στις 24 Ιουνίου έγινε αντιληπτός απο τους Ενετούς ανοικτά του Ακρωτηρίου Σπάθα, ενώ την επόμενη μέρα, άρχισε η αναίμακτη απόβαση στις δυτικές ακτές του κόλπου των Χανίων.
