Β' Βυζαντινή περίοδος
Η ανάκτηση της Κρήτης απο τους Βυζαντινούς το 961, σηματοδοτεί μια νέα ιστορική περίοδο τόσο για το νησί, όσο και για την ευρύτερη περιοχή της ανατολικής Μεσογείου, αφού περιόριστηκαν σημαντικά οι Αραβικές επιδρομές στο Αιγαίο, ενώ η Βυζαντινή Αυτοκρατορία εδραίωσε τη θαλάσσια κυριαρχία της στην περιοχή.
Το νησί ενισχύθηκε άμεσα σε πολιτικό, οικονομικό, στρατιωτικό και θρησκευτικό επίπεδο, ενώ οι Βυζαντινοί κύρηξαν και πάλι την Κρήτη ως Θέμα και όρισαν αρχηγό στρατηγό.
Πρίν την αποχώρηση του απο το νησί, ο Νικηφόρος Φωκάς φρόντισε να αφήσει σημαντική ναυτική δύναμη για την αποτελεσματική άμυνα του, αλλα και μεγάλο αριθμό παλαίμαχων στρατιωτών που αποτέλεσαν τον πρώτο πυρήνα βυζαντινών αποίκων της Κρήτης αλλα και την στρατιωτική και πολιτική δύναμη που θα κάλυπτε τις ανάγκες του νησιού, ενώ την επαναφορά των κατοίκων του νησιού στη χριστιανική θρησκεία ανέλαβαν ιερωμένοι που αναδείχθηκαν σε θρησκευτικούς ηγέτες όπως ο Νίκων Μετανοείται ή ο Ιωάννης Ξένος. Πολλά χωριά και τοπωνύμια της Κρήτης όπως Αρμένοι, Βουλγάρω, Αμιράς, κλπ οφείλουν την ονομασία τους στην περίοδο αυτή.
Διάφοροι στρατηγοί της Κρήτης εμφανίζονται κατα την ίδια περίοδο σε έγγραφα σφραγίδες ή επιγραφές. Απ' αυτούς, γνωστοί είναι οι Φιλάρετος, πρωτοσπαθάριος και στρατηγός Κρήτης στις αρχές του 11ου αιώνα, ο Βραχέων, ο Μιχαήλ ''Δισύπατος'' και στρατηγός Κρήτης, ο Ευμάθιος και ο Μιχαήλ Καραντινός, Δούκας της Κρήτης το (1088-1089)
Το 1090-1091 εκδηλώθηκε στην Κρήτη Επαναστατικό κίνημα κατα της κεντρικής εξουσίας υποκινούμενο απο τον Δούκα Κατεπάνω Καρύκη, αλλα η καταστολή της έγινε ένα χρόνο αργότερα, αφου ο Βυζαντινός στρατός πολεμούσε στη Μικρά Ασία.