Κατασκευή 1921 Ελληνική Υπηρεσία Φάρων
Εστιακό ύψος 75 μέτρα
Ο Φάρος του Κουφονησίου κατασκευάστηκε σε ύψωμα που βρίσκεται στη νότια πλευρά του νησιού το 1921, στα πλαίσια της ενίσχυσης του κρητικού Φαρικού Δικτύου.
Η παντελής αδιαφορία της Ελλάδας για την ανάδειξη των αρχαίων μνημείων της κατα την παραπάνω περίοδο, είχε ως αποτέλεσμα τη χρησιμοποίηση των δομικών υλικών αρχαίου ναού, που βρίσκεται σε μικρή απόσταση απο τον φάρο, για την κατασκευή του κτιρίου.
Κατα την περίοδο της Γερμανικής κατοχής, ο φάρος βομβαρδίστηκε και καταστράφηκε.
Με το τέλος του πολέμου, τοποθετήθηκε μεταλλική κατασκευή δίπλα στο φάρο, μέσα στο χώρο του αρχαίου ναού.
Απομακρύνθηκε για να μπεί λίγο νοτιότερα, μερικά χρόνια αργότερα, με υπόδειξη της αρχαιολογίας και μέριμνα του πολεμικού ναυτικού.