Υψόμ. 50 μ.
Σημαντικός οικισμός των περίχωρων της πόλης των Χανίων, με συνεχή κατοίκηση που ανάγεται τουλάχιστον στη Α΄Βυζαντινή περιοδο.
Εδώ μεταφέρθηκε κατα την Β' Βυζαντινή περίοδο η επισκοπική έδρα Κυδωνίας, λόγω της ραγδαίας αύξησης των πειρατικών επιδρομών, ενώ κατα την περίοδο της Ενετοκρατίας μετονομάστηκε σε Επισκοπή Αγιάς.
Αναφέρεται πρώτη φορά σε έγγραφο του 1332, ως ιδιοκτησία του Λατινικού Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως.
Ο Στέργιος Σπανάκης ετοιμολογεί την ονομασία του οικισμού απο την αραβική λέξη άια = νερό, λόγω και των πλούσιων πηγών που βρίσκονται στην περιοχή και σχηματίζουν τον παραπόταμο Ξεκωλωμένο, που λίγο βορειότερα ενώνεται με τον ποταμό Κερίτη ή Πλατανιά.
Ενετικές Απογραφές
1583 142 κάτ. ''Agia'' (P. Castrofylaka)
1630 ''Agia'' (Bassilicata)
Στην Οθωμανική απογραφή του 1650 αναφέρεται ως μούλκι (περιουσιακό στοιχείο) του ντεφτερντάρη της Κρήτης Μεχμέτ Πασά, ενώ το 1670 αναφέρεται ως Σουλτανικό Χάσι.
Στην Επανάσταση του 1897 ο Τιμολέων Βάσος κατέλαβε τον πύργο της Αγιάς και νίκησε τον Τουρκικό στρατό στη μάχη των Λιβαδειών, τονώνοντας το ηθικό των Επαναστατών.
Οθωμανικές Απογραφές
1650 15 νοικοκ. ''Aya''
7 άγαμ.
1834 8 χριστ. οικογ. ''Haghia'' (R. Pashley)
4 μουσουλμ. οικογ.
1881 63 χριστ. κάτ. ''Αγιά και Πισκοπή'' (Δήμος Αλικιανού)
28 Τουρκ. κάτ.
Ολόκληρη η περιφέρεια του Αληκιανού εκτός των χωριών Ψαθόγιαννου Μπαπιόλου Δερέ και Σκονίζου, που βρίσκονται λίγο ψηλότερα, προσβάλονταν απο ελώδης πυρετούς σε ποσοστό μεγαλύτερο του 80% επι του συνολικού πληθυσμού που ανερχόταν το 1910 σε 3.500 κάτοικους.
Απογραφή Κρητικής Πολιτείας
1900 102 κάτ. ''Αγιά και Πισκοπή'' (Δήμος Αλικιανού)
Το 1925 ο οικισμός αποσπάστηκε απο την κοινότητα Κυρτωμάδω και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Αλικιανού, ενώ το 1946 δημιουργήθηκε η κοινότητα Αγιάς με έδρα τον ομώνυμο οικισμό.
Το 1928 η βαλτώδης περιοχή βόρεια του οικισμού μετατράπηκε σε λίμνη περίπου 450 στρεμμάτων και στον χώρο αυτό εγκαινιάστηκε το 1929 το υδροηλεκτρικό εργοστάσιο της Αγιάς. Το εργοστάσιο σταμάτησε τη λειτουργία του μεταπολεμικά, ενώ σήμερα λειτουργεί πλέον ως Μουσείο Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας.
Ελληνικές Απογραφές
1928 158 κάτ. ''Αγυιά'' (Κοινότ. Αλικιανού)
1940 198 κάτ. ''Αγιά'' (Κοινότ. Αλικιανού)
1951 195 κάτ. ''Αγιά'' (Κοινότ. Αγιάς)
1961 240 κάτ. ''Αγιά''
1971 251 κάτ. ''Αγιά''
1981 236 κάτ. ''Αγιά''
Χάρτης
Πηγές
Σ. Σπανάκης - Πόλεις και χωριά της Κρήτης
Δ. Βουλγαρίδης - Τα εν Κρήτη ελώδη μέρη