Με την επιβολή της Γερμανικής κυριαρχίας στην Ελλάδα και λίγο αργότερα στην Κρήτη και στα πλαίσια της πάγιας πολιτικής που ακολούθησαν οι κατακτητές προς τις κατεχόμενες χώρες, η Γερμανική αντικατασκοπεία ανέλαβε να αντικαταστήσει με δικούς της ανθρώπους όλες τις νευραλγικές θέσεις της Δημόσιας Διοίκησης, να ελέγξει τα Μέσα Μαζικής Ενημέρωσης και να στήσει ένα δίκτυο συλλογής πάσης φύσεως πληροφοριών.
Άμεσα τοποθέτησε νέους Νομάρχες, Δημάρχους και Κοινοτάρχες φιλικά προσκείμενους προς τις Γερμανικές Αρχές Κατοχής, δημιούργησε Γερμανόφιλους πυρήνες (Λαϊκές Επιτροπές) απο έγκριτους πολίτες που μπορούσαν να ασκήσουν επιρροή στον τοπικό πληθυσμό, έκλεισε όλες τις εφημερίδες του νησιού αφήνοντας μόνο τις Γερμανόφιλες ''Κρητικός Κύρηξ'' (Ηρακλείου) και ''Παρατηρητής'' (Χανίων) που άρχισαν τη λειτουργία τους μέσα στην περίοδο της κατοχής, ενώ συγχρόνως άρχισε να δημιουργεί το τοπικό δίκτυο συνεργασίας και αντικατασκοπείας, αποτελλούμενο απο κάτοικους του νησιού.
Ο βουλευτης και υπουργός με το Λαϊκό Κόμμα δικηγόρος
Ιωάννης Πασσαδάκης, Γενικός Διοικητής Κρήτης κατα τη
Γερμανική Κατοχή και ο Μητροπολίτης Χανίων Αγαθάγγελος,
χαιρετούν Ναζιστικά σε Γερμανική εκδήλωση.
Σε σύντομο χρονικό διάστημα, πλήθος Κρητικών προσχώρησαν στο Γερμανικό στρατόπεδο μόνιμα ή περιστασιακά, εθελοντικά ή με τη βία, για πολιτικούς, στρατιωτικούς, οικονομικούς, ή κοινωνικούς λόγους, καλύπτοντας το γεωγραφικό σύνολο του νησιού, δυσχεραίνοντας σε κάθε περίπτωση το έργο της Εθνικής Αντίστασης.
Με το τέλος της Κατοχής, η κυβέρνηση Γεώργιου Παπανδρέου δημοσίευσε το διάταγμα ''Περι επιβολής ποινικών κυρώσεων κατά συνεργασθέντων μετά του εχθρού'' μέσα απο το οποίο προέκυψαν τα Ειδικά Δικαστήρια Δοσίλογων, που άρχισαν τις δίκες το φθινόπωτο του 1945.
Ωστόσο η γκρίζα ζώνη που δημιουργήθηκε απο το 1943 (με τη δημιουργία των Ταγμάτων Ασφαλείας της Κυβέρνησης Ράλλη) ανάμεσα σε συνεργάτες των Γερμανών και Αντικομμουνιστές, (με την ανοχή ή και προτροπή του Ελληνικού κράτους) δημιούργησε τα πρώτα προβλήματα απόδοσης δικαιοσύνης, τα οποία διογκώθηκαν απο την κλιμάκωση του Εμφύλιου Πολέμου και τις συνεχόμενες τροποποιήσεις του διατάγματος, αφήνοντας παράθυρα αποφυγής κυρώσεων στους διωκόμενους για Εθνική προδοσία, που σε πολλές περιπτώσεις μετατρέπονταν σε διώκτες των Κομμουνιστών.
Στην Κρήτη χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα της ΑΟΚ (Αντικομμουνιστική Οργάνωση Κρήτης) του Ταγματάρχη Δημήτρη Παπαγιαννάκη που ιδρύθηκε στις αρχές του 1944 στα Χανιά και εξοπλίστηκε απο τους Γερμανούς. Για την αιμοσταγή δράση του εναντίον αντιστασιακών του ΕΑΜ, ο Παπαγιαννάκης δικάστηκε και αθωώθηκε απο δικαστήριο δοσίλογων των Χανίων το 1946.
