Ο Ιωάννης Σφακιανάκης γεννήθηκε στο Βραχάσι το 1848. Πατέρας του ήταν ο Κωνσταντίνος Σφακιανάακης, οπλαρχηγός και γενικός αρχηγός του Λασιθίου κατα την περίοδο της Επανάστασης του 1866.
Ξεκίνησε το σχολείο στο Βραχάσι, το συνέχισε στο Ηράκλειο και το ολοκλήρωσε στη Σύρο.
Σε ηλικία μόλις 18 χρονών πολέμησε στην Επανάσταση του 1866 πλάι στον πατέρα του, ενώ αργότερα ολοκλήρωσε τις σπουδές του στην ιατρική, στο πανεπιστήμιο Αθηνών.
Με την ολοκλήρωση των σπουδών του εγκαταστάθηκε στο Ηράκλειο και παντρεύτηκε την Μαρία Καλοκαιρινού, κόρη του Μίνωα Καλοκαιρινού.
Αναμίχθηκε στην πολιτική ζωή της Κρήτης και ηγήθηκε της αντιπροσωπείας που διαπραγματεύτηκε τη Σύμβαση της Χαλέπας στα Χανιά το 1878.