Η είσοδος του Κνωσανού φαραγγιού βρίσκεται στη βόρεια πλευρά της μικρής κοιλάδας που σχηματίζεται ανάμεσα στον Γιούχτα και στις Αρχάνες.
Στην κοίτη του φαραγγιού ρέει ο ποταμός Καίρατος, που εκβάλει στην ανατολική πλευρά του λιμένα Ηρακλείου, καλυμένος πλέον κάτω απο τη σημερινή λεωφόρο Καζαντζίδη.
Στο μήκος της διαδρομής του εντός των ορίων της περιφέρειας Αρχανών, το φαράγγι ονομάζεται Αρχανιώτικο Φαράγγι, ενώ λίγο βορειότερα μετονομάζεται για τον ίδιο λόγο σε Σιλαμιανό ή φαράγγι Σίλαμου και Αγιορεινιώτικο, ή φαράγγι της Αγίας Ειρήνης. Διασχίζοντας τα ανατολικά όρια της Κνωσού, μετονομάζεται και πάλι σε Κνωσανό φαράγγι.