Η ιδιαίτερη λατρεία του Αγίου Μηνά απο τους κατοίκους του Τουρκοκρατούμενου Χάνδακα, άρχισε να δημιουργείται απο το 1735, όταν ο τότε Μονεμβάσιος Μητροπιλίτης Γεράσιμος Λετιτζής κατάφερε να πάρει άδεια επισκευής ενός μικρού ναού της Υπαπαντής, στη θέση που σήμερα βρίσκεται ο μικρός Άγιος Μηνάς, για τις ανάγκες της Μητρόπολης του.
Ήταν ο πρώτος χριστιανικός ναός του Χάνδακα που ανήκε στη Μητρόπολη Κρήτης. Ο άλλος χριστιανικός ναός που λειτουργούσε στον Χάνδακα, αυτός του Αγίου Ματθαίου, ανήκε στη Μονή Σινά η οποία διαχειριζόταν και τα έσοδα του και ίσως αυτός να ήταν και ένας απο τους βασικούς λόγους που ο Άγιος Μηνάς κυρήχθηκε πολιούχος της πόλης. Άλλωστε οι υπόδουλοι χριστιανοί κάτοικοι του Χάνδακα στο πρόσωπο του Αγίου Μηνά έβλεπαν όχι μόνο τον πολιούχο της πόλης, αλλα και τον αξιωματικο του Ρωμαικού στρατού που με το σπαθί του πολεμούσε τους εχθρούς του χριστιανισμού.
Ωστόσο η λατρεία του Αγίου φαίνεται να εδραιώθηκε στον Χάνδακα κατα τη διάρκεια της ανέγερσης του νέου ναού 1862-1895 ή κατα την τοπική παράδοση ήδη απο το Πάσχα του 1826, όταν σύμφωνα και με τον αγιογράφο και λόγιο Στέφανο Νικολαϊδη (Τροχαλάκη) ο οποίος ήταν αυτόπτης μάρτυρας των γεγονότων, ο Άγιος Μηνάς έσωσε τους πιστούς που παρακολουθούσαν την Αναστάσιμη λειτουργία απο σφαγή που ετοίμαζαν οι Γενίτσαροι της πόλης.
Στέφανος Νικολαϊδης (1817? -1907)
Την ημέρα εκείνη οι Γενίτσαροι με καλά οργανωμένο σχέδιο συγκεντρώθηκαν έξω απο τον ναό του μικρού Αγίου Μηνά με σκοπό να εκτελέσουν όλους του πιστούς που παρακολουθούσαν εκείνη την ώρα την Αναστάσιμη λειτουργία. Για να παραπλανήσουν την τοπική διοίκηση είχαν δημιουργήσει εστίες μικροεπεισοδίων και είχαν ανάψει φωτιές σε διάφορα σημεία της πόλης, ενώ το σήμα για τη γενική επίθεση θα δινόταν όταν θα ξεκινούσε η ανάγνωση του Ευαγγελίου.
Την κρίσιμη εκείνη ώρα, ένα φως πλημύρισε τον ναό, ενώ στον προαύλιο χώρο του εμφανίστηκε ένας σεβάσμιος έφιππος αξιωματικός που με το γυμνό του ξίφος προκάλεσε πανικό στους Τούρκους και τους έτρεψε σε φυγή.
Οι Τούρκοι θεώρησαν οτι ο έφιππος ήταν ο Αγιάν Αγάς, ένας αξιωματικός του Τουρκικού στρατού ο οποίος εμφανίστηκε την τελευταία στιγμή και απέτρεψε τη σφαγή, ενώ οι χριστιανοί του κάστρου θεώρησαν οτι ο αξιωματικός αυτός ήταν ο Άγιος Μηνάς που προστάτεψε το ναό του και το ποιμνίο του.
Απο τότε, στον Άγιο Μηνά αποδίδεται η προστασία των χριστιανών του Μεγάλου Κάστρου απο τους Τούρκους, με πολλές αναφορές σε θαυνατουργές επεμβάσεις του την ύστατη στιγμή, προς όφελος των χριστιανών.