Ο Στέφανος Ξανθουδίδης γεννήθηκε στο Αβδού το 1864. Σπούδασε φιλολογία στην Αθήνα και επιστρέφοντας στην Κρήτη διορίστηκε σε γυμνάσια της Νεάπολης και του Ηρακλείου.
Με την ανακήρυξη της Κρητικής Πολιτείας, διορίστηκε εφορος αρχαιοτήτων του νησιού, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι το 1915, ενώ αργότερα θα διατελέσει και έφφορος της 10ης Αρχαιολογικής Περιφέρειας Ελλάδος και αργότερα διευθυντής του Μουσείου Ηρακλείου.
Πέθανε το 1928 αφήνοντας πισω του ογκωδέστατο συγγραφικό έργο και έχοντας διενεργήσει πλήθος ανασκαφών σε πολλές περιοχές της Κρήτης.