Υψόμ. 360 μ.
Οικισμός της Οθωμανικής περιόδου, που αναφέρεται πρώτη φορά στην απογραφή του 1881 μαζί με τους οικισμούς Δυό Πρίνοι, Αγία Πελαγία, Δράκου, Ελληνικά και Κατσίκι.
Η προφορική παράδοση θέλει τον οικισμό να ανήκει στην περίοδο της Ενετοκρατίας και κτήτορα του την οικογένεια των Κατρίνηδων, με καταγωγή απο τη Σητεία.
Οθωμανικές Απογραφές
1881 204 χριστ. κάτ. ''Λουσέστρο'' (μαζί με τους υπόλοιπους οικισμούς των Μετοχίων Λιμνών)
Στην απογραφή της Κρητικής Πολιτείας του 1900, ο οικισμός δεν αναφέρεται ονομαστικά, αλλα καταγράφεται με τα υπόλοιπα χωριά του χωριού Λίμνες, με την ονομασία ''Μετόχια Λιμνών.''
Το 1925 ο οικισμός προσαρτήθηκε στην κοινότητα Λιμνών, ενώ το 1955 μετονομάστηκε σε Άγιος Ιωάννης.
Ελληνικές Απογραφές
1920 69 κάτ. ''Λουσέστο''
1928 80 κάτ. ''Λουσέστρο''
1940 111 κάτ. ''Λουσέστρο''
1951 112 κάτ. ''Λουσέστρο''
1961 77 κάτ ''Άγιος Ιωάννης''
1971 48 κάτ. ''Άγιος Ιωάννης''
1981 20 κάτ. ''Άγιος Ιωάννης''
Χάρτης
Πηγές
Σ. Σπανάκης - Πόλεις και χωριά της Κρήτης