Οι συνοικίες του Χάνδακα εντός των τειχών, όπως διαμορφώθηκαν
κατα την περίοδο της Τουρκοκρατίας
1 Αβδουραχμάν Πασά
Η περιοχή οφείλει την ονομασία της στον αρχηγό των Γενίτσαρων Αβδουραχμάν, στον οποίο ο Σουλτάνος δώρισε τον Τριμάρτυρο Ναό της οδού 1866 μετά την άλωση της πόλης.
Εκτεινόταν απο απο την πλατεία Κορνάρου μέχρι την πλατεία Νικηφόρου Φωκά.
2 Αγία Αικατερίνη
Η μοναδική περιοχή του Ενετικού Χάνδακα γύρω απο τον ομώνυμο Ναό, που η ονομασία της δεν άλλαξε κατα την Τουρκική κατάκτηση.
3 Αγκεπούτ Αχμέτ Πασά
Η περιοχη γύρω απο την Εκκλησία των Σταυροφόρων. Ονομάστηκε και Κουχιακλή λόγω της αρχιτεκτονικής του Ναού.
4 Βαλιντέ Τζαμί
Η περιοχή του ομώνυμου Τέμενους και παλαιότερου Ναού του Σωτήρος στην πλατεία Κορνάρου, που ακόμα σήμερα ακούγεται Βαλτέ Τζαμί.
5 Βεζίρ Τσαρσί
Η οδός 25ης Αυγούστου με τις παρόδους της, μέχρι την Πύλη του Μώλου.
6 Γενί Τζαμί
Αμέσως νότια της δυτικότερης πλευράς της οδού Καλοκαιρινού. Ονομάστηκε και Τέμενος του Αλή Πασά, λόγω του τζαμιού που κτίστηκε το 1700, στη θέση της παλαιότερου Ναού του Εσταυρωμένου.
7 Δεφτερντάρ
Η περιοχή γύρω απο την Βασιλκή του Αγίου Μάρκου, η οποία δόθηκε στον ανώτατο οικονομικό υπάλληλο (Δεφτερντάρη) του Χάνδακα και μετατράπηκε σε τζαμί.
9 Κιζίλ Τάμπια
Στην περιοχή του προμχώνα του Αγίου Ανδρέα, στη δυτική πλευρά των τειχών.
Εδώ είχει κτιστεί το Τέμενος του Θριάμβου, (Fethiye Camisir) αφού απο το σημείο αυτό κάμφθηκε η αντίσταση των Ενετών.
10 Μπαλτά Τζαμί
Στην περιοχή του Μποδοσάκειου, οπου υπήρχε ο Ναός του Αγίου Ιωάννη. Δόθηκε στον Μπαλτά (αρχιαστυνόμο) που τον μετέτρψε σε τζαμί, το οποίο κατεδαφίστηκε και στη θέση του κτίστηκε το Μποδοσάκειο.
11 Ρετζέπ Αγά
Στο Καμαράκι. Στην οδό Δελημάρκου, υπήρχε η εκλησία της Αγίας Αναστασίας, η οποία δόθηκε στον Ρετζέπ Αγά, οικονόμο του Κιοπρουλού Φαζίλ Αχμέτ Πασά και μετατράπηκε σε Τέμενος.
12 Σουλτάν Ιμπραχήμ
Απο την ανατολική πλευρά της Χάνδακος προς τη μεριά της παραλίας, μέχρι το Μπεντενάκι.
13 Σοφού Μεχμέτ
Στην περιοχή της σημερινής οδού Πεδιάδος, ανατολικά της Πύλης του Ιησού.
14 Τσουκούρ Τσεσμέ
Στη Σιναΐτικη εκκλησία του Αγίου Ματθαίου στην περιοχή του Λάκκου.
15 Φιντίκ Πασά
Στην αρχή της οδού Πεδιάδος. Δόθηκε στον Ελχάτζ Μεχμέτ Πασά, τον ονομαζόμενου και Φιντίκ Πασά λόγω της Ποντιακής καταγωγής του.
16 Χουνκιόρ
Στην περιοχή του σημερινού αρχαιολογικού μουσείου και νοτιότερα, μέχρι την παραλία. Οφείλει την ονομασία της στο Τέμενος Χουνκιόρ, στη θέση του παλαιότερου Ναού του Αγίου Φραγκίσκου.
Μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα ήταν γνωστή και ως Εφτά Μπαλτάδες, όνομα που της δόθηκε απο τα Τάγματα των Γενίτσαρων που πολέμησαν κατα την πολιορκία του Κάστρου.