Στη δυτική πλευρά του Κόλπου Μιραμπέλου, στην είσοδο του Όρμου της Ελούντας και ανάμεσα στις ακτές της Κρήτης και στο βόρειο άκρο της Χερσονήσου Σπιναλόγκα, βρίσκεται η Νησίδα Σπιναλόγκα.
Το μοναδικό αγκυροβόλιο του νησιού, βρίσκεται στη νότια πλευρά του, όπου και η νότια πύλη εισόδου στο Ενετικό κάστρο και καταλαμβάνεται καθ' όλη τη διάρκεια της ημέρας απο τα πλοιάρια της τοπικής ακτοπλοΐας, που εκτελούν τη σύνδεση του νησιού με την Ελούντα την Πλάκα και τον Άγιο Νικόλαο.
Οι δυτικές ακτές περιβάλονται απο βραχώδη αβαθή σε μικρή απόσταση απο τις ακτές, ενώ στην ανατολική και βόρεια πλευρά τα βάθη είναι μεγαλύτερα, αλλα οι ακτές αλίμενες.
Η προέλευση του ονόματος, προέρχεται απο την παραφθορά της Ελληνικής φράσης ''Στην Ελούντα.''
Σε έγγραφο του Δουκικού Αρχείου του Χάνδακα του 1381 το νησί αναφέρεται ως ''Stinelonde.''
Ο Gerola επισημαίνει οτι Βενετοί που ταξίδεψαν στην Κρήτη, ταύτισαν την ''Stinelonde'' με την ''Spinalonga'' (σήμερα Giudessa) το στενόμακρο νησι που ανήκει στο σύμπλεγμα των νησίδων που απαρτίζουν την παλιά πόλη της Βενετίας και την ονόμασαν έτσι.
Κατα το κλείσιμο του Λεπροκομείου το 1957, επιχειρήθηκε η αλλαγή του ονόματος απο Σπιναλόγκα, σε Καλυδών, ένα όνομα όμως που δεν έχει ιστορική βάση και που τελικά δεν επικράτησε.
Βραχώδης και απόκρημνη κυρίως στο βόρειο τμήμα της, έχει συνολική έκταση περίπου 120 στρεμμάτων και μέγιστο ύψος 41 μέτρα, ενώ περικλείεται απο βραχώδη αβαθή.
Η Νησίδα, έχει οχυρωθεί είδη απο την αρχαιότητα, με σκοπό τη φύλαξη της πόλης και του λιμανιού της αρχαίας Ολούς.
Υπολείμματα της αρχαίας αυτής οχύρωσης, παρατήρησε κατα την ανέγερση του Ενετικού Κάστρου της Σπιναλόγκας o Brunoro Zambeschi, ενώ σήμερα διακρίνονται υπολείμματα της στη βόρεια πλευρά της οχύρωσης.
Με το επίθετο Αμυκλαίος, λατρεύτηκε α Θεός Απόλλωνας στις ''Αμύκλαις'' της Σπάρτης και ...εν τη πόλη Αμύκλαιω της Κρήτης.. σύμφωνα με τον F. Cornelius, ο οποίος τοποθετεί την πόλη αυτή στην Σπιναλόγκα.
Πιστεύεται μάλιστα, οτι σε μεταγενέστερους χρόνους, η νησίδα χρησιμοποιήθηκε ως καταφύγιο των κατοίκων της περιοχής απο διάφορες πειρατικές επιδρομές.
Η Σπιναλόγκα, όπως φαίνεται απο την Πλάκα.
Το 1579, ξεκίνησε η θεμελίωση του Ενετικού κάστρου, το οποίο έμεινε στην κατοχή των Ενετών και μετά την Οθωμανική κατάκτηση του νησιού, μέχρι το 1715.
Κατα τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας στο νησί, η Σπιναλόγκα κατοικήθηκε απο Τούρκους, ενώ στην περίοδο των Κρητικών επαναστάσεων, αποτέλεσε πολλές φορές καταφύγιο των κυνηγημένων Τούρκων, απο τους Κρητικούς επαναστάτες.
Απο τις αρχές του 20ου αιώνα μέχρι το 1957, η Σπιναλόγκα λειτούργησε ως λεπροκομείο.
Τα τελευταία χρόνια, ολόκληρο το νησί της Σπιναλόγκας, αναδείχθηκε αρχαιολογικός χώρος και συνδέεται ακτοπλοϊκά με τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα.
